Die EU-Emissionshandelsrichtlinie bestimmt die Rechtsstrukturen für den Emissionshandel (ETS) und beinhaltet verpflichtende Regeln für die Berechnung von Emissionsdeckelungen, Zuteilungsprinzipien etc.

Die erste Handelsperiode lief von 2005 bis 2007, die aktuele zweite Periode von 2008 bis 2012 – entsprechend des Kyoto-Kontrollzeitraums. Die dritte Handelsperiode läuft von 2013 bis 2020.

Der Emissionshandel umfasst 10.000 bis 12.000 Unternehmen von Industriezweigen, die für etwa 40% der EU-Emissionen verantwortlich sind, wie z. B. die Stromproduktion, Stahl, Glas, und Zementproduktion.

Folgende wichtige Emittenten von CO2-Emissionen, werden nicht vom ETS erfasst: Land- und Seeverkehr (der Flugverkehr wird ab 2012 miteinbezogen), Gebäude, Landwirtschaft und Kraftwerke mit einer Kapazität von bis zu 20 Megawatt.

Jedes in den Emissionshandel einbezogene Unternehmen erhält eine bestimmte Zahl an Verschmutzungsrechten. Dadurch werden Höchstgrenzen für den CO2-Ausstoß festgelegt. Benötigt ein Unternehmen mehr Zertifikate, als ihm zugeteilt wurden, muss es diese auf dem Markt von Firmen kaufen, die weniger Zertifikate benötigen. Die EU-Kommission schätzt, dass im Jahr 2008 mehr als 3 Mrd. EUAs gehandelt worden sind.

Gleicht ein Unternehmen höhere Emissionen nicht durch Zertifikatkäufe aus, wird eine Strafe von 100 Euro pro Tonne fällig. Im Emissionshandel kostet eine Tonne aktuell vor Steuern etwa 15 Euro.

In der zweiten Handelsperiode wurden durch die Nationalen Allokationspläne (NAPs) mindestens 90% der Zertifikate kostenlos an Unternehmen verteilt, die restlichen Zertifikate wurden versteigert.

In der dritten Handelsperiode wird ein größerer Anteil EUAs versteigert werden (20% im Jahr 2013, 70% im Jahr 2020) und die jährliche Anzahl der EUAs wird auf 1,72 Milliarden im Jahr 2021 reduziert.

Es wird erwartet, dass EUAs aus der zweiten Phase in die dritte Phase übertragen werden kann, um einen Preisabsturz wie nach der ersten Handelsperiode zu vermeiden.

Laut öffentlich zugänglicher Studien wird erwartet, dass der Preis von EUAs von aktuell 15 Euro auf  20 bis 25 Euro im Jahr 2020 und 40 bis 60 Euro im Jahr 2050 steigen wird.

Die EU Linking Directive erlaubt die Übertragung von Zertifikaten von den projektbasierten Kyoto-Mechanismen JI und CDM in das ETS.

Das Kyoto-Prinzip der Supplementarität sieht vor, dass die Nutzung von CDM und JI innerhalb des  ETS beschränkt sein muss. Jedes Teilnehmerland bestimmt diese Beschränkung selbst, z.B. 22% der zugeteilten Zertifikate pro Emittent in Deutschland.